生物除臭床的机理是利用纯生物填料层，在适当的温度下，培养有用的能分解恶臭气体成分的微生物，从而达除臭的目的。被处理的恶臭气体进入生物除臭床通过生物过滤层时，污染物从气相中转移到一生物膜表面，被生物填料中的微生物降解，微生物把吸收到的恶臭成分作为能量来源用于进一步繁殖。
火山岩填料在生物除臭中的工作原理
收集到的废气在适宜的条件下通过长满微生物的火山岩滤料，气味物质先被滤料吸收，然后被滤料上的微生物氧化分解，完成废气的除臭过程。
固体载体上生长的微生物承担了物质转换的任务，因为微生物生长需要足够的有机养分，所以固体载体必须具有高的有机成分。要使微生物保持高的活性，还必须为之创造一个良好的生存条件，比如：适宜的湿度、pH值、氧气含量、温度和营养成分等。
环境条件变化会影响微生物的生长繁殖，因此在试运行时或改变工况时要考虑生物过滤池会有一个适应期。

多介质过滤工艺中，以成层状的精制火山岩滤料或其他材料的滤料为床层.床的顶层由最轻和最粗品级的材料组成，而最重和最细品级的材料放在床的低部。其原理为按深度过滤--水中较大的颗粒在顶层被去除，较小的颗粒在过滤器介质的较深处被去除。从而使水质达到粗过滤后的标准。